Wie alle spanischen Flughäfen wird ACE auch von der Aena betrieben. Die Aeropuertos Espanoles y Navegación Aérea als staatliche Aktiengesellschaft wurde 2014 zu 49 Prozent an die madrider Börse gebracht. Die Aufgabenbereiche der Flugsicherung und Luftverkehrskontrolle verblieben bei der Enaire Holding.