Wie an anderen deutschen Airports hat Lufthansa abseits der Drehkreuze Frankfurt und München keine eigenen Maschinen stationiert und bietet lediglich Zubringerflüge an. In Hamburg ist der Konzern aber dennoch sehr präsent. So befinden sich im Südwesten des Geländes die Werften der Lufthansa-Technik, deren Hauptsitz ebenfalls in Hamburg ist. Seit 1953 wurden Reparaturen, Wartungen und Umrüstungen für weltweite Kunden angeboten. Die Flugzeugüberholung wurde jedoch 2017 geschlossen. Auffälligster Geschäftsbereich ist aber der VIP-Bereich, wodurch regelmäßig Regierungs- und Privatmaschinen in HAM zu sehen sind.