Beinahe von Anfang an betreibt Pegasus eine auf zwei Muster aufgeteilte Flotte: Begonnen wurde 1990 mit Boeing 737 (damals noch in der Version -400). 1993 wurde der erste Airbus A320 geleast. Stand November 2020 waren noch 34 Boeing 737-800 neben 52 Airbus A320 in der Flotte.