In den 2000er-Jahren, die zu Beginn des folgenden Jahrzehnts in der Insolvenz mündeten, flottete JAL mehrere Flugzeugtypen endgültig aus. Darunter die Boeing 747-300 und -400, McDonnell Douglas DC-10-40, MD-11, MD-87 und Airbus A300. Die Reduzierung der Flotte wurde 2019 mit der Einflottung von A350-900 und -1000 (und davor mit Boeing Dreamlinern) ad acta gelegt.