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Abgesehen von der Regionalflotte, die mit Maschinen von ATR ausgestattet ist und von Cebgo betrieben wird, setzt Cebu ganz auf Airbus-Muster. Deren Modernisierung wird umfassend mit Neo-Modellen vollzogen. Während die Langstreckenflotte bereits komplett auf A330-900Neo umgestellt wurde, fliegen Stand 2026 noch einige A320-200 und A321-200 auf Mittelstrecken. Die Neos waren aber bereits die zahlreicheren Jets in der jeweiligen Teilflotte.